Квалитет воде има важан утицај на аквакултуру. Стога је посебно важно да аквакултура буде упозната са индикаторима детекције, да редовно спроводи инспекције квалитета воде и да благовремено реагује на прилагођавање индикатора квалитета воде.
Главне ставке за испитивање вода за аквакултуру укључују pH вредност, амонијачни азот, растворени кисеоник, нитрите, сулфиде и салинитет. Међу њима, растворени кисеоник и одговарајућа pH вредност су неопходни услови, док су амонијачни азот, нитритни азот и сулфид главне токсичне супстанце које производи метаболизам риба и шкампа. Прецизно и благовремено мерење концентрације ових супстанци, а затим предузимање одговарајућих мера може значајно побољшати стопу преживљавања риба и шкампа и смањити трошкове узгоја.